رغم أن حركة طالبان وتنظيم القاعدة يواجهان مصيراً مشتركاً في أفغانستان، إلا أن هناك عدة نقاط اختلاف بينهما، وأبرز تلك النقاط تتمثل في التمايز الأيديولوجي بينهما، فالقاعدة هي تنظيم عالمي لا يعترف بالحدود السياسية، ولاسيما في العالم الإسلامي، وعلى العكس فإن حركة طالبان أفغانستان تظل حركة تحرر أفغانية تلتزم بحدود بلدها.